A infecção sofrida fez com que os médicos lhe amputassem uma perna no Ceará e a outra em São Luís do Maranhão. Tornou-se mendigo e para tirar suas esmolas chegou à capital de Pernambuco, onde depois de alguns dias foi alcançado pela graça de Deus pelo ministério da Igreja Presbiteriana naqueles passados tempos. Chegando à Barra do Corda, mesmo aleijado "ele cumpria fielmente sua nobre missão de evangelizar os parentes e visinhos".Foi perseguido vorazmente pelos inimigos da fé evangélica e por duas vezes quase o mataram não fora a providência graciosa do seu Senhor.Abrigado nos braços divinos foi morar mais tarde a 36 quilômetros da cidade, onde sua parentela e outros formaram um povoado ao redor de uma lagoa. João Batista era o evangelista incansável que lhes transmitia o evangelho, naquela vila, nascedouro da primeira congregação que se abrigava num pequeno templo coberto de palhas de babaçu e chão batido.Ali foi lançada a pequena semente que germinou e se transformou na árvore denominacional, conhecida hoje como Aliança das Igrejas Cristãs Evangélicas do Brasil. Na sua velhice o primeiro homem da nossa história, cego e doente, orava a Deus que enviasse um substituto para aquela congregação de crentes, localizada naquelas terras férteis e produtivas, chamadas de Centro dos Protestantes.As famílias Pinheiro, Barros, Felipe, Oliveira, Gomes, Silva e mais tarde Leite ali se instalaram com muitos dos seus membros os quais prosperaram na vida espiritual e na vida material, esta na lavoura e na pecuária.Nos dias de Festa e Ano Novo os irmãos celebravam naquele povoado sua maior confraternização nos cultos de adoração, louvor e pregações. João Batista era seu pregador e líder espiritual por muitos anos. Pessoas dos arredores e dos municípios visinhos compareciam àqueles eventos e muitos eram alcançados para Jesus naqueles dias primeiros de nossas raízes.Em atendimento às orações de João Batista Pinheiro, o Senhor Deus mandou do Canadá o primeiro missionário da nossa enorme galeria de pioneiros: Perrin Smith. Chagado ao Brasil, mais precisamente à Grajaú em 1905, jovem solteiro, casou-se com uma brasileira, Ana Tavares Bastos e realizou desde a sua chegada um maravilhoso trabalho na cidade, interior e sul do Maranhão, evangelizando e ganhando vidas para o Reino de Deus, além de organizar a primeira congregação em Grajaú.O fato que associou Perrin Smith à congregação de Centro dos Protestantes ocorreu em 1912, quando viajou com a família ao Canadá. Para viajar à São Luís era necessário embarcar em Barra do Corda, pelo rio Mearim.